As FAPs contribuem com auxílio à pesquisa, bolsas de estudos, subvenções a empresas e divulgação científica. Seus orçamentos são definidos nas Constituições Estaduais, mas nem sempre são integralmente repassados, o que é bastante problemático, pois o recurso gerido localmente é mais atento às necessidades regionais e aos benefícios e resultados que podem gerar, o que por vezes não é contemplado pelas agências federais de fomento.

O principal recurso é o Imposto sobre Circulação de Mercadorias (ICMS), um tributo estadual, que incide sobre produtos ou serviços que circulam no território nacional. A porcentagem a ser arrecadada é definida em lei. O ICMS incide sobre o consumo e parte dele compõe o orçamento das FAPs para gerar novos conhecimentos, fomentar a produção de Ciência, Tecnologia e Inovação e promover o desenvolvimento social e econômico.

As FAPs contribuem com 14% da oferta de bolsas de mestrado e doutorado distribuídas no Brasil, medida fundamental para valorizar aqueles que escolhem a ciência como profissão. As bolsas garantem a formação de pesquisadores altamente qualificados, viabilizam a dedicação integral ao projeto de pesquisa e à qualidade da produção científica, a permanência nos cursos de pós-graduação e a troca/divulgação de conhecimentos em eventos acadêmicos.