Em termos financeiros, os maiores fontes de financiamento em 2021 foram a CAPES (R$ 3,3 bilhões); o CNPq (R$ 1,1 bilhão);
a FAPESP (R$ 977,6 milhões); o FNDCT (R$ 820,8 milhões);
e FAPERJ (R$ 690,7 milhões).
A principal e, muitas vezes, a única fonte de recursos das universidades públicas é o governo. No caso das universidades federais, quem destina os recursos é o Ministério da Educação; no caso das universidades estaduais, cada estado vincula as suas universidades à secretarias de interesse. Em São Paulo, por exemplo, elas são ligadas à Secretaria de Desenvolvimento Econômico, Ciência e Tecnologia.
O Fundo Nacional para o Desenvolvimento Científico e Tecnológico (FNDCT) é um fundo com destinação específica arrecadado de empresas de diversos setores da economia. Empresas de energia elétrica, mineração e petróleo, por exemplo, são obrigadas por lei a depositar um percentual de seu faturamento para investimentos em Ciência e Tecnologia.